Le C49 intègre le module audio numérique DA-1, pouvant être remplacé à l’avenir au fur et à mesure que les technologies numériques évoluent. 

Le C49 possède une multitude d’entrées. Côté analogique, il possède 2 entrées symétriques, 3 asymétriques et 2 entrées phono (1 x MC et 1 x MM) pour y relier des platines vinyles. Côté numérique, il a 6 entrées logées dans le module DA1 : 2 coaxiales, 2 optiques, 1 USB et 1 MCT propriétaire (pour y connecter les appareils McIntosh SACD / CD ayant cette même connectique MCT). Le DA1 est alimenté par un convertisseur numérique analogique (DAC) 8 canaux, 32-bit qui est utilisé en mode Quad Balanced ; il supporte une résolution jusqu’au DSD256 et DXD384 kHz pour la lecture de fichiers musicaux en haute définition. Au total, le C49 a 13 entrées et chacune peut être renommée, pour simplifier la configuration et le contrôle de votre système.